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No segundo capítulo, Ryo Takatsuki e seus aliados prosseguem em sua busca para desvendar o mistério dos estranhos A.R.M.S. que cada um deles empunha, e para entender o que o destino lhes reserva. Eles descobriram onde as respostas estão escondidas, mas alcançá-las significa se envolver em uma luta desesperada pela sobrevivência contra uma poderosa corporação militar que fará de tudo para tomar seus segredos.

Mao Ran parece uma garota comum e fofa, mas na verdade ela é uma praticante habilidosa de uma arte marcial transmitida pela família Mao. Um dia, seu avô a engana, forçando-a a entrar na competição de luta "Prime Mat." No início, ela reluta em lutar, mas conforme enfrenta seus oponentes, ela gradualmente se sente atraída pela emoção do combate.

A mãe de Jane morre ao dar à luz a ela, e seu pai, um aristocrata inglês rico, rapidamente se casa novamente com uma mulher que tem um filho chamado William. William despreza seu novo padrasto e meio-irmão. George e Jane crescem compartilhando o sonho de construir uma máquina voadora. George acredita que o misterioso Cerulean Sand, escondido nas areias distantes da Ásia, é a chave para fazer máquinas voarem. Ele parte em uma expedição para encontrá-lo, mas logo chegam notícias de que ele foi executado por traição. William também desaparece. Após receber uma carta sem assinatura contendo um punhado de areia azul-pálida que flutua no ar, Jane fica certa de que seu irmão ainda está vivo. Ela parte para o Oriente para encontrá-lo e limpar seu nome. Durante sua jornada, Jane e seus novos companheiros encontram muitos segredos à espera de serem descobertos. Mas talvez alguns mistérios sejam melhores deixados sem solução...

Sonoko está trabalhando em um roteiro para uma peça teatral. Dentro de seu roteiro, um assassinato ocorre, e a detetive colegial Suzuki Sonoko aparece para ajudar a resolver o crime. Haibara nota erros no segmento de dedução da história, levando Ran a decidir contatar Shinichi para obter assistência com o roteiro.

O Magic File 2 foi lançado em lojas de conveniência selecionadas (como a 7-Eleven) no Japão, junto com episódios pay-per-view da série (episódios anteriores, como o caso de Nova York). O primeiro disco contém o OVA de história paralela do Filme 12, que foca em Kudou Shinichi e fornece algum contexto relacionado ao filme que viria a seguir. O segundo disco apresenta os episódios PPV.

Conan Edogawa e seus colegas de classe têm a tarefa de criar um relatório escolar sobre um pequeno negócio de sua escolha. Depois de descartar outras opções, os Detective Boys decidem que esta é uma oportunidade ideal para aprender mais sobre a profissão do detetive Kogorou Mouri. No entanto, os amigos de Conan não se contentam apenas com uma simples entrevista; eles querem vivenciar todos os detalhes do trabalho dele em primeira mão. Então, junto com um hesitante Conan e Ai Haibara, eles partem para seguir o renomado detetive durante um dia inteiro. Mas as crianças logo se veem envolvidas em uma situação terrível quando o caso atual de Kogoro toma um rumo inesperado e perigoso.

Após ser sequestrado, o Professor Agasa deixa pistas em sua casa e em diferentes locais da cidade, que os Detective Boys devem juntar para resgatá-lo.

Durante uma visita a Osaka, Conan e Ran encontram Heiji e Kazuha enquanto fazem um passeio turístico. Eles encontram três crianças que se parecem muito com os Detective Boys, mas têm personalidades opostas. As crianças estão procurando um amigo desaparecido, e ambos os jovens detetives concordam em ajudar a encontrar o menino que sumiu.

Um dia, a agência de detetives de Mori Kogoro recebe uma ligação de chantagem, mas o chamador discou o número errado. Conan reconhece a voz como sendo de seu velho amigo Heiji, um detetive do ensino médio de Osaka. Os dois unem forças mais uma vez para investigar o caso e recuperar uma joia roubada. No entanto, eles não são os únicos em sua busca. O infame ladrão fantasma Kaitou Kid também colocou seus olhos nesta gema, avaliada em 100.000.000 de ienes. Agora, Heiji e Conan devem correr para ser os primeiros a encontrar o culpado e reivindicar a joia.

Conan Edogawa e os outros são convidados para uma pequena festa na villa do Inspetor Ninzaburou Shiratori. A principal atração do evento é a coleção de vinhos de Shiratori—especialmente sua garrafa mais cara—e um vintage seria aberto naquela noite. Mas quando estava prestes a ser trazida, Shiratori descobre a garrafa quebrada no chão, e o culpado deve ser uma das 16 pessoas presentes na reunião.

Kaitou Kid colocou seus olhos em um novo prêmio: a Crystal Mother, o maior topázio da Europa, que pertence à Rainha Selizabeth do Principado de Ingram. Ele planeja roubar a joia enquanto a Rainha viaja em um trem de Tóquio para Osaka. Mas Kid enfrenta um desafio, já que a Rainha já escondeu a gema em algum lugar a bordo do trem. Conan Edogawa, um passageiro no mesmo trem, suspeita que o ladrão fantasma atacará e começa sua própria investigação, enquanto o Inspetor Ginzou Nakamori se prepara para outro confronto com o elusivo ladrão de joias.

O Sanzo Ikkou continua sua jornada para o oeste, com a missão de impedir que um demônio seja ressuscitado. Genjo Sanzo, Cho Hakkai, Sha Gojyo e Son Goku lutam para alcançar seu objetivo, mas o caminho é repleto de conflitos internos. Quando encontram uma dupla poderosa de inimigos vindos do oeste, a união do grupo — e o sucesso de sua missão — pode ficar em jogo.

Continuando sua jornada para oeste, o monge Genjo Sanzo e seus companheiros Cho Hakkai, Sha Gojyo e Son Goku têm como objetivo evitar que o demônio Gyoumao seja ressuscitado. À medida que a reputação do Sanzo Ikkou os precede, eles enfrentam assassinos demônios a cada passo, mas também precisam lidar com as crescentes tensões dentro do próprio grupo para vencer um inimigo poderoso.

Yoshimura Sumimura é o herdeiro de uma tradição familiar de "Kekkaishi" — pessoas com poderes sobrenaturais que destroem criaturas malignas conhecidas como Ayakashi quando elas cruzam para o mundo humano. Esses Ayakashi são demônios atraídos pela energia que emana da terra de Karasumori, exatamente o local onde a escola de Yoshimura está situada. Forçado a lutar, Yoshimura precisa defender sua amada escola e sua cidade natal, embora preferisse passar o tempo fazendo bolos a combater as criaturas grotescas que aparecem à noite. Felizmente, Yoshimura não está sozinho nessa luta. Ao seu lado está Tokine Yukimura, que o acompanha desde a infância e mora ao lado. Apesar de virem de clãs rivais, os dois formam uma equipe excepcional. O trabalho em equipe é essencial, pois os Ayakashi lançam ondas implacáveis de ataques, buscando reivindicar a terra para si, enquanto uma organização misteriosa se esconde nas sombras, esperando o momento perfeito para atacar.

Shinichi Kudou é um detetive do ensino médio renomado por solucionar inúmeros casos difíceis. Enquanto segue dois homens suspeitos que avista um dia, ele acidentalmente se depara com um crime perturbador. Pegos em flagrante, os homens o forçam a ingerir uma droga experimental de sua organização criminosa, deixando-o como morto. Para seu choque, Shinichi sobrevive, mas seu corpo encolheu para o de uma criança de sete anos. Mantendo sua mente afiada, ele oculta sua verdadeira identidade de todos, incluindo sua amiga de infância Ran Mouri e o pai dela, o detetive particular Kogorou Mouri. Ele adota o pseudônimo Conan Edogawa, um nome derivado dos escritores de mistério Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa. Como Conan, Shinichi resolve secretamente os casos de Kogorou nas sombras usando suas habilidades excepcionais de detetive, enquanto investiga clandestinamente a organização que causou sua transformação, na esperança de um dia reverter os efeitos da droga.