Num futuro próximo, a humanidade chegou a um ponto em que substituições completas de corpos, de carne orgânica a partes mecânicas, são possíveis. Esse avanço aprimora muito tanto as habilidades físicas quanto as cibernéticas, borrando a linha entre os dois reinos. No entanto, criminosos também se aproveitam dessa tecnologia, resultando em novas formas de crime, muitas vezes altamente perigosas. Para lidar com essas ameaças inovadoras, o governo japonês estabelece a Section 9, uma unidade policial de operação independente que lida com esses casos criminais sensíveis. Liderada por Daisuke Aramaki e Motoko Kusanagi, Section 9 lida com esses crimes em todo o espectro social, geralmente obtendo sucesso. No entanto, quando confrontada com um novo hacker de elite apelidado de "The Laughing Man", a equipe é atraída para um perigoso jogo de gato e rato, seguindo o rastro do hacker enquanto ele deixa sua marca no Japão.
