Mil anos se passaram desde os "Sete Dias de Fogo", uma guerra nuclear catastrófica que exterminou quase toda a vida na Terra. A humanidade agora luta para sobreviver contra uma selva traiçoeira que evoluiu em resposta à destruição causada pela humanidade. Repleta de esporos venenosos e insetos gigantes, essa selva se espalha rapidamente pelo mundo, ameaçando consumir o que resta da raça humana.
Longe da selva, encontra-se o pacífico reino agrícola conhecido como "Valley of the Wind", cuja localização costeira o protege das toxinas mortais da selva. A carismática jovem princesa do Vale, Nausicaä, vê seu reino tranquilo ser perturbado quando uma aeronave de Tolmekia cai violentamente no Vale. Depois que Nausicaä e os cidadãos do Vale descobrem um objeto pulsante sinistro nos destroços, o exército Tolmekian invade o Vale, com a intenção de reviver uma arma perigosa dos Sete Dias de Fogo. Agora, Nausicaä deve lutar para impedir que os Tolmekians mergulhem a Terra em um cataclismo que a humanidade jamais poderia sobreviver, enquanto também protege o Vale das forças avançadas da selva tóxica.