Há cinco anos, bolhas que desafiavam a gravidade e possuíam poderes misteriosos caíram sobre a Terra. Após uma enorme explosão de causa desconhecida, Tóquio se tornou o epicentro, com a cidade selada dentro de uma bolha gigantesca. Esse fenômeno, chamado "Queda das Bolhas", submergiu a antiga capital em um mar que curvava a gravidade; o governo a declarou uma zona restrita, e seus habitantes fugiram.
Crianças órfãs pela Queda das Bolhas agora habitam Tóquio ilegalmente, participando de perigosas batalhas de parkour pelas estruturas em ruínas da cidade. Hibiki — uma estrela habilidosa nessas competições, capaz de saltar entre as bolhas — afirma ouvir sons vindos da Torre de Tóquio. Determinado a descobrir a verdade, ele se dirige em direção à fonte, mas mergulha nas águas abaixo.
Uma garota misteriosa, a quem ele mais tarde chama de Uta, o resgata. No entanto, Hibiki não faz ideia de que a chegada de Uta em sua vida revelará os segredos por trás do evento catastrófico que transformou seu mundo para sempre.