O Santo Graal onipotente, capaz de conceder qualquer desejo, já provocou três conflitos brutais que culminaram em destruição total. Mesmo diante desse passado sombrio, a abastada família Einzbern mantém a convicção de que a Quarta Guerra do Santo Graal terá um vencedor, especialmente agora que contam com um recipiente adequado para o artefato. Para assegurar essa vitória, contratam o temido "Assassino de Magos", Kiritsugu Emiya, selando o pacto com o casamento dele com Irisviel, a única filha da família.
Kiritsugu é inserido em uma competição mortal que envolve sete participantes, cada um comandando um Servo antigo e guiado por motivações distintas. Ao lado de seu próprio Servo, Saber, o notório mercenário encontra seu rival mais formidável em Kirei Kotomine, um padre em busca de salvação pessoal que caça Kiritsugu. Adaptado da light novel de Gen Urobuchi, Fate/Zero narra os eventos da Quarta Guerra do Santo Graal, ambientada dez anos antes de Fate/stay night. A história apresenta uma batalha real implacável onde a sobrevivência está longe de ser garantida.