Em um conflito contra quatro raças imensamente poderosas — anjos, demônios, mortos-vivos e bestas humanoides — a humanidade só pôde sobreviver graças a Sid, que derrotou os campeões das outras raças e selou seus exércitos dentro de quatro pirâmides. Em uma era onde os feitos de Sid se tornaram lenda, Kai Sakura Vento é um dos muitos recrutas designados para vigiar as pirâmides, temendo que esses antigos inimigos possam se libertar.
Durante um dia tranquilo passado com sua amiga Jeanne E. Anise, o mundo é de repente "sobrescrito", lançando Kai em uma realidade alternativa onde a humanidade foi quase exterminada por demônios e forçada a se esconder. Pior ainda, sua própria existência foi apagada deste mundo; todos os seus conhecidos, incluindo Jeanne — que agora lidera a resistência local nesta realidade — não têm memória dele.
Ao investigar os vestígios de seu mundo anterior, Kai encontra Rinne, uma misteriosa jovem aprisionada dentro de uma pirâmide. Depois de herdar misteriosamente a lendária espada de Sid, Codeholder, Kai consegue libertar Rinne de seu cativeiro. Determinado a corrigir esta realidade, Kai se une a Rinne e Jeanne para libertar a humanidade do controle demoníaco. Mas se o bravo soldado espera retornar ao seu mundo original, ele deve primeiro descobrir a razão por trás da estranha alteração da realidade.