A narrativa começa com um confronto entre dois heróis opostos, ZET e ALPHAS, antes de explorar suas histórias de fundo — Jin Kanzaki, um jovem que possui o poder de se tornar a entidade sobre-humana chamada ZET, e Kouga Amagi, um jovem movido por um forte senso de justiça que emprega tecnologia para lutar como ALPHAS. Os destinos desses dois indivíduos e das pessoas ligadas a eles se entrelaçam enquanto lutam para proteger a humanidade e eliminar horrores monstruosos chamados de Players.
