O lendário Pokémon Renegado, Giratina, cruza o caminho do Pokémon Temporal Dialga perto de um lago e o força para dentro de seu próprio reino, uma dimensão alternativa distinta do mundo normal. Um pequeno Pokémon verde é arrastado junto no caos; embora consiga escapar, Dialga aproveita a oportunidade para fugir antes que Giratina possa persegui-lo.
Depois de inadvertidamente estragar um piquenique para Satoshi e seus companheiros, o Pokémon verde é levado a um Centro Pokémon para cuidados médicos e é revelado ser Shaymin, o Pokémon Mítico da Gratidão. Através de comunicação telepática, Shaymin insiste que Satoshi, Hikari e Takeshi o escoltem até um local específico. Antes que possam determinar para onde ele quer ir, o grupo se vê caçado tanto por Giratina quanto por uma figura misteriosa chamada Zero, ambos determinados a capturar Shaymin. Conseguiram Satoshi e seus amigos guiar Shaymin até seu destino enquanto evitam as ameaças que se aproximam?
