Na Academia Shiomi, existe uma lenda sobre "O Pastor" — uma figura misteriosa que supostamente aparece para alunos diligentes e concede a eles um único desejo.
Kyoutarou Kakei, um aluno do segundo ano que serve como líder não oficial do Clube da Biblioteca, está profundamente absorto em um livro na famosa Grande Biblioteca da escola quando recebe um e-mail inesperado do Pastor. A mensagem o avisa de um evento iminente que alterará seu destino. Perturbado com isso, Kyoutarou corre para uma estação de trem próxima, onde avista a colega Tsugumi Shirasaki em perigo. Ele consegue salvá-la no momento em que um trem descarrila e quase a atinge. Em gratidão por sua bravura, Tsugumi decide entrar para o Clube da Biblioteca e convida Kyoutarou a participar de seu secreto "Projeto Shiomi Feliz". Junto com outros novos membros do clube, eles trabalham juntos para melhorar a academia e procurar pela verdadeira identidade do elusivo Pastor.
