Shin Hazama se fechou emocionalmente após a morte misteriosa e repentina de sua mãe durante a infância. Com seu pai cientista absorto em pesquisas, seu único apoio é sua amiga de infância Kotori Izumi, a filha alegre e de bom coração do empregador de seu pai. Conforme o terceiro ano do ensino médio se aproxima do fim e a formatura se avizinha, Shin e Kotori finalmente começam a avançar juntos, tanto na vida quanto no amor.
Essa frágil estabilidade se despedaça quando o pai de Shin também morre inesperadamente. Antes que possam processar a perda, Shin e Kotori descobrem a verdade por trás das mortes de seus pais ao encontrar agentes de um Japão distópico de alta tecnologia que existe em um universo paralelo. Entre eles está Jin, o "eu relativo" de Shin, que está lutando contra as armas humanoides Miko e Niko. Como as vidas dos eus relativos estão conectadas, Jin tem dois objetivos: proteger o vulnerável Shin para garantir a existência de ambos, e matar Kotori para quebrar a regra de ferro de seu eu relativo, a Princesa Kotoko — sua arqui-inimiga e aquela que assassinou seus pais. Diante dessa nova realidade, Shin e Kotori devem confrontar seus verdadeiros sentimentos um pelo outro, mesmo que seu mundo esteja destinado a acabar amanhã.
