Três décadas atrás, a chegada repentina de misteriosos invasores alienígenas quase causou a extinção da humanidade.
Desde então, humanos e essas criaturas, chamadas de Espécies Invasoras, têm lutado pelo controle do espaço vital. Enquanto um frágil nível de segurança é mantido, o mundo está sempre à beira da ruína. Mesmo com a ameaça constante de morte e destruição iminente, as pessoas tentam viver suas vidas normais fingindo que o perigo ao redor não existe. Em reação, as Nações Unidas organizam a EXCEEDS, uma agência destinada a investigar e lidar com ameaças vindas das Espécies Invasoras.
A história se passa na nação insular do Extremo Oriente chamada Mizuho, onde uma jovem caçadora chamada Shiina Kuze vive em uma ilha solitária, exterminando organismos invasores. Tudo o que ela quer é uma vida calma junto com sua única família restante — sua irmã mais nova, Setsuna. Mas seus dias comuns são quebrados quando um evento inesperado ocorre, arrastando-a para um conflito muito maior.
