Após ser atropelado por um caminhão em 2014, Akira Natsume acorda dentro de uma máquina depois de um coma de 16 anos. Enquanto ele se adapta ao novo sistema, a policial Minami Uezono e sua parceira androide Alma o cumprimentam. Elas explicam que seu cérebro está armazenado em um dispositivo chamado EX-ARM — uma arma de destruição em massa. Presos em um navio inimigo de contrabandistas, os três devem escapar usando apenas sua inteligência e habilidades de combate.
Embora inicialmente hesitante em lutar, Akira se lembra das palavras de seu irmão antes do acidente. Essa memória o leva a agir, assumindo o controle do corpo de Alma para enfrentar oponentes com artes marciais. Quando Alma o conecta a uma das portas do navio, ele descobre o imenso poder do EX-ARM ao hackear e assumir o controle da embarcação com facilidade.
Após retornar em segurança à terra firme, Akira conhece os outros membros da Equipe de Prevenção e Combate aos EX-ARM, uma unidade policial focada em reduzir o impacto dos EX-ARMs. Vendo os horrores cometidos por aqueles que buscam o poder dos EX-ARM, ele decide se juntar à equipe e impedir o terror causado por essas armas.
