Após a morte repentina de seu pai, Momo Miyaura, de 11 anos, se muda de Tóquio com sua mãe para uma ilha antiga e remota no Mar Interior de Seto. A única lembrança que ela tem de seu pai é uma carta inacabada contendo apenas duas palavras: "Querida Momo"—e a inquietação persistente em seu coração por causa disso.
Na pequena cidade desconhecida, Momo relutantemente tenta se adaptar aos prédios de madeira antiquados, campos de cultivo silenciosos e santuários isolados misteriosos. Um dia, enquanto explora o sótão de sua nova casa, ela descobre um livro ilustrado desgastado sobre youkai. Após essa descoberta, ocorrências estranhas começam a acontecer pela cidade, e Momo é visitada por três youkai problemáticos.
Momo e no Tegami conta a história de uma jovem garota enquanto ela luta para se adaptar à sua nova vida bizarra e, por fim, aceitar a misteriosa carta de seu pai.