Ninjas eram demi-deuses impiedosos que governaram o Japão com suas artes marciais durante uma era de tranquilidade. No entanto, alguns poucos praticaram um hara-kiri proibido, armazenando suas almas no Templo Kinkaku para ressuscitar mais tarde. Sua história foi falsificada, e a verdade sobre esses ninjas desapareceu na obscuridade. No futuro, onde a tecnologia cibernética e as redes eletrônicas reinam supremas, almas ninja sinistras, ressuscitadas de milênios atrás, são desencadeadas nas sombras escuras de Neo-Saitama. Fujikido Kenji, um salaryman, perde sua esposa e sua criança em uma guerra territorial ninja. Enfrentando a própria morte, ele é possuído por uma alma ninja enigmática. Sobrevivendo a esse encontro, Fujikido se torna Ninja Slayer, um ceifeiro dedicado a erradicar ninjas malignos e buscar vingança pessoal. Situado no submundo distópico de Neo-Saitama, Ninja Slayer se envolve em combate mortal contra os ninjas do Sindicato Soukai.
