Miramax Films

Em 2113 d.C., uma equipe científica viaja para a Antártida para investigar uma atividade sísmica estranha, descobrindo marcações semelhantes às de Nazca e uma caverna subterrânea massiva contendo uma torre misteriosa. Quando a torre emite uma frequência mortal, os membros da expedição e seus observadores remotos perecem. A análise revela que esse sinal é um farol apontado para Elysium, um planeta fora do nosso sistema solar. Van, um entregador de pizza de 18 anos em Manhattan, também é participante de corridas de turbo jai alai, o perigoso esporte do século XXII que combina realidade virtual com altas velocidades. Profundamente apaixonado pela bailarina Lydia, Van espera vencer uma corrida para garantir ingressos para um resort galáctico onde ela possa fazer um teste para o Ballet de Júpiter, permitindo que eles escapem de sua cidade poluída. Enquanto isso, a nave de observação espacial Odyssey encontra uma frota elisiana. Quando as armas da Odyssey funcionam mal e destroem uma nave elisiana, os alienígenas retaliam com um ataque devastador à Terra. Quando o bombardeio elisiano atinge Manhattan, Van luta através do caos em seu turbociclo para salvar Lydia do estádio em colapso. Com cidades ao redor do mundo sob cerco, o par foge pelas ruas em chamas, eventualmente encontrando segurança temporária em um abrigo antirradiação apertado.

Jesse, James e Meowth terminaram de construir uma enorme nova sede da Equipe Rocket e estão prestes a realizar uma grande gala para mostrá-la ao seu chefe. Vários Pokémon Whismur, cada um segurando uma maraca, foram escravizados para fornecer o entretenimento da noite, muito para seu descontentamento. No entanto, quando Pikachu, Torchic, Mudkip e o restante do grupo se infiltram na base e localizam a cela dos Whismur, eles percebem que precisam libertar seus companheiros capturados. Durante a tentativa de fuga que se segue, tanto amigos quanto inimigos não conseguem evitar entrar em danças em grupo por toda parte.

Um dia enquanto brincava na praia, Pikachu e seus companheiros Pokémon avistam uma grande mansão nas proximidades. Enquanto vagueiam pela propriedade procurando algo divertido para fazer, encontram um Yogiras rigoroso que mantém tudo arrumado dentro da casa e no jardim. Mesmo que Yogiras reclame da presença deles, tanto seus próprios amigos quanto o grupo de Pikachu começam uma animada partida de esconde-esconde. Frustrado por ninguém estar lhe dando ouvidos, Yogiras chuta uma pedra, que acidentalmente atinge um cortador de grama e o liga. O cortador de grama descontrolado começa a perseguir todos os Pokémon. Com todos em perigo, Pikachu, Yogiras e todos os seus amigos precisam trabalhar juntos para se manterem seguros.

Pikachu and some of the other pokemon camp out in the woods and help the Pichu brothers get on the train.

Com o Cometa do Milênio prestes a retornar ao céu após uma longa ausência, diz-se que seu aparecimento realiza os desejos de qualquer um que o testemunhe acima de si. Satoshi e seus companheiros estão ansiosos para ver o Festival do Milênio, especialmente quando assistem a um show de mágica realizado pelo Great Butler. Ainda mais intrigante é o estranho casulo que Butler carrega — dele, Masato ouve uma voz misteriosa chamando! Quando Jirachi desperta de seu sono, Masato ganha um novo companheiro — infelizmente, apenas pelo curto período em que o Cometa do Milênio está visível no céu. Masato está determinado a aproveitar cada momento com seu novo amigo, mas o Great Butler tem suas próprias intenções sinistras para Jirachi. Ele pretende reviver o lendário Groudon, e Jirachi pode ser capaz de realizar esse desejo. Será que Masato, Satoshi, Haruka e Takeshi conseguirão frustrar o plano de Butler e resgatar Jirachi antes que Groudon ressurgir para trazer ruína à terra?

A cidade high-tech de LaRousse é um destino impressionante — e uma arena igualmente impressionante para batalhas Pokémon! Satoshi vai direto para sua famosa Battle Tower, mas as coisas vão mal quando seu parceiro de batalha acaba sendo um menino assustado chamado Tooi. Devido a um encontro traumático na infância, Tooi tem pavor de todos os Pokémon — até mesmo de amigáveis como Pikachu! Há ainda mais a temer quando Deoxys aparece e assume o controle da cidade, desativando seus sistemas e mantendo todos como reféns. O lendário Rayquaza não está satisfeito e não vai parar por nada para expulsar esse intruso de seu domínio. Enquanto isso, Satoshi, Tooi e seus amigos podem estar no meio disso, mas estão longe de desistir da luta!

Continuando sua aventura na região de Johto, Satoshi e seus amigos chegam a Altomare, uma cidade-ilha conhecida por sua competição anual de Pokémon Water Race. Enquanto Takeshi e Kasumi aproveitam as festividades, estranhos acontecimentos começam a ocorrer com Satoshi — ele inexplicavelmente perde a corrida, testemunha algumas mulheres atacando uma garota com seus Pokémon e, mesmo depois que ele e Pikachu a salvam, a garota depois nega tê-los conhecido. Felizmente, Satoshi logo entende a situação quando descobre que a garota que ele e Pikachu resgataram era na verdade um Pokémon chamado Latias, que frequentemente assume a forma de sua amiga humana Kanon. Latias, junto com outro Pokémon chamado Latios, é conhecida como o Pokémon Eon. Juntos, eles protegem Altomare junto com uma misteriosa esfera azul conhecida como Soul Dew. Uma antiga lenda de Altomare, profundamente ligada ao Pokémon Eon e à Soul Dew, é bem conhecida entre os locais — e também pelas irmãs Zanner e Lyon, as ladras que atacaram Latias anteriormente. Enquanto as criminosas tentam capturar tanto o Pokémon Eon quanto a Soul Dew, Satoshi deve intervir para evitar que uma catástrofe se abata sobre Altomare.

Serebii, um Pokémon Lendário com o poder de viajar no tempo, está sendo perseguido por um caçador não identificado que quer capturá-lo. Quando o jovem treinador Pokémon Yukinari, que gosta de esboçar Pokémon, tenta ajudar Serebii depois que este esbarra nele, ambos desaparecem subitamente sem deixar vestígios durante a fuga. Quarenta anos depois, o ambicioso treinador Satoshi está explorando sua área local na esperança de avistar Pokémon raros. Um barqueiro chamado White leva Satoshi à sua vila. Satoshi é acompanhado por seus três amigos mais próximos: Takeshi, um ex-líder de ginásio que treina para se tornar um criador Pokémon de elite; Kasumi, uma jovem garota que almeja ser uma treinadora habilidosa do tipo Água; e Pikachu, o primeiro Pokémon parceiro de Satoshi. Ao mesmo tempo, Yukinari e Serebii reaparecem no presente de Satoshi e encontram seu grupo. O Lorde Mascarado Vicious, o executivo mais poderoso da Equipe Rocket, pretende capturar Serebii. Usando a Dark Ball—um tipo especial de Monster Ball que corrompe qualquer Pokémon capturado dentro dela e libera sua força máxima—Vicious transforma Pokémon inocentes em inimigos perigosos e poderosos, incluindo o próprio Serebii. Presos em uma situação difícil, Satoshi, Yukinari e seus amigos devem unir forças para derrotar Vicious e resgatar Serebii, além de si mesmos.