Após a Terra ter se tornado inabitável devido à poluição, os governos globais estabeleceram a Superior Domination para colonizar o espaço. Séculos se passam, e a humanidade entrega sua liberdade à IA Grand Mother; aos 14 anos, os cidadãos passam por apagamentos de memória e recebem funções sociais designadas. Jomy Marquis Shin, um jovem gentil protegido por seus pais, é resgatado desse destino por Soldier Blue, o líder dos Mu, uma subespécie humana psíquica. Vendo Jomy como uma ameaça à sua ordem, as autoridades da SD o perseguem, levando-o aos Mu, que residem na nave espacial Shangri-La. Anos depois, como líder da resistência Mu, Jomy viaja para Terra para evitar Keith Anyan, um agente da SD conhecido por sua impiedade e ambição. Jomy e seus seguidores devem alcançar a origem da humanidade antes que Keith elimine sua última chance de sobrevivência.