É extremamente incomum uma garota nascer carregando duas almas separadas — uma humana e a outra kaiju. Esses indivíduos raros, chamados de "Kaiju Girls", parecem humanas comuns, mas possuem capacidades sobrenaturais de monstros gigantes. Para ajudar essas Kaiju Girls a gerenciar suas habilidades e se integrar à sociedade, a Organização Internacional de Resgate e Mentoria de Kaiju — abreviada como GIRLS — foi estabelecida.
Recentemente, três jovens mulheres passaram pelo despertar de suas metades kaiju. A tímida Aki Miyashita ganha a alma de Agira, a séria Reika Shiragane herda Windom, e a enérgica Miku Ushimaru recebe Miclas. As três se juntam à organização GIRLS, onde cada uma aprende a controlar seus poderes e conter seus impulsos monstruosos. Com o incentivo daqueles ao seu redor, Agira, Windom e Miclas passam a entender o que realmente significa ser uma Kaiju Girl.
