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Os três irmãos descobrem que o experimento humano, proibido após a destruição do "Orochi", ainda está secretamente em andamento para ressuscitar a serpente maligna. Eles também descobrem que ex-membros do Yamainu, a unidade militar japonesa estabelecida para eliminar a serpente, estão por trás desse esquema. Os irmãos se reúnem para lutar juntos em uma batalha contra os militares.

O clã ninja Fuuma é uma tribo secreta que aguarda a ressurreição do Orochi (uma serpente gigante) há gerações. Shirasu e seu irmão gêmeo Ichiu foram criados nesse ambiente severo, e sua jornada para se tornarem os líderes do clã é retratada aqui.

Um ano se passou desde a grande batalha contra a serpente gigante conhecida como Orochi. Tenka, deixado paralítico pela luta final e por ter participado de um experimento humano do governo antes dela, retirou-se da sociedade. Mas seus irmãos mais novos, Soramaru e Chuutaro, descobrem a verdade oculta sobre o passado do irmão mais velho.