Após dominar a galáxia, a humanidade atingiu seu auge e agora enfrenta um declínio lento. Os recursos universais estão diminuindo, e cerca de 500 bilhões de humanos começam a retornar à Terra. Isso gera conflitos entre várias facções humanas que disputam o controle do planeta. Eventualmente, um regime autoritário chamado Sanção Gaia interrompe a repopulação da Terra.
O Capitão Herlock era membro da Ala de Elite, designado pela Sanção Gaia para proteger a Terra. Sua frota era invencível sob sua liderança. No entanto, a Sanção Gaia permite que uma elite diplomática imigre para a Terra, enfurecendo Herlock. Ele se torna rebelde, atacando os diplomatas e sua própria frota. Em seguida, libera matéria escura no planeta para torná-lo inabitável, mas acaba envolvido por ela, ganhando imortalidade.
Um século depois, o lendário Capitão Herlock continua foragido, agora no comando apenas da Arcádia. A Sanção Gaia prossegue com seu esquema para controlar a Terra enquanto oculta sua verdadeira condição. No entanto, o Capitão Herlock se prepara para um confronto final com eles, que decidirá o destino do mundo.
