Em Arkham Asylum, Batman enfrenta Gorilla Grodd em uma luta enquanto tenta destruir a mais recente criação de Grodd: o Quake Engine. Durante a briga, a máquina é ativada e todo o asilo desaparece no ar — junto com Batman. Quando o caos cessa, Batman se vê em uma estrada desconhecida. Ele rapidamente percebe que não está mais em Gotham City, mas sim no Japão Feudal.
A sensação de maravilha desaparece quando samurais o atacam, com a intenção de matá-lo. Enquanto investiga, Batman descobre que aquele que ordenou sua morte é seu velho inimigo, o Joker. Após encontrar Catwoman, ele fica sabendo que os criminosos do asilo chegaram lá dois anos antes — cada um governando uma região diferente do Japão, com o Joker reinando como o senhor da guerra dominante.
Para voltar para casa, Batman precisa reativar o Quake Engine, que está localizado nos restos do asilo, agora conhecido como Castelo Arkham. No entanto, há um grande problema: além de seu cinto de utilidades, a maior parte de seu arsenal se foi. Ninja Batman acompanha o Cavaleiro das Trevas enquanto ele navega por um mundo estranho e novo, confrontando inimigos familiares em sua missão de voltar para Gotham em uma só peça.
