Após enfrentar uma série de eventos caóticos, o sargento mercenário Sousuke Sagara, da Mithril, e a estudante do ensino médio Kaname Chidori, uma 'Whispered', retomam suas rotinas escolares diárias. Sousuke se esforça para se integrar aos civis enquanto equilibra suas funções secretas, e Kaname tenta apoiá-lo — embora seus métodos exagerados frequentemente a frustrem.
Mas, assim que suas vidas se acalmam, novas ameaças surgem. Uma facção terrorista independente chamada Amalgam aparece, e conflitos internos dentro da Mithril ameaçam fragmentar a organização por meio de falhas e traições. Novos modelos de Arm Slave altamente avançados só aumentam o perigo, enquanto a paz global está em jogo.
Enquanto Kaname e Sousuke lidam com suas lutas pessoais em meio a conflitos de vida ou morte, será que conseguirão tomar as decisões certas e moldar seu próprio destino?