Embora a era dos samurais tenha terminado há muito tempo, Takeshi Chimatsuri ainda mantém o código samurai vestindo trajes tradicionais e carregando uma espada para onde quer que vá. Tudo muda quando as irmãs Kageri e Akari Toki, descendentes de uma família ninja, se transferem para o colégio de Chimatsuri — a chegada delas ameaça levar toda a escola de joelhos. As irmãs Toki juraram recuperar uma espada hereditária que o pai de Chimatsuri ganhou da família delas em um duelo anos atrás, e não vão parar por nada, usando até mesmo truques sujos, para cumprir sua missão.
