Cinquenta anos atrás, um gigante extraterrestre de luz chamado Ultraman salvou a Terra e então desapareceu. O hospedeiro humano de Ultraman, Shin Hayata, ficou sem nenhuma memória de seu tempo como herói. O jovem filho de Hayata, Shinjirou, descobre-se que nasceu com um corpo muito mais forte e resistente do que qualquer humano normal. A organização que uma vez auxiliou Ultraman, a SSSP, revela o passado de Hayata para ele. Seu pai então veste novamente um traje de poder, assumindo o papel de Ultraman mais uma vez.
Certa noite, Shinjirou é atacado por um alienígena chamado Bemular e é resgatado por seu pai, que fica gravemente ferido na luta. Com alienígenas perigosos à espreita na cidade e Hayata impossibilitado de agir, cabe a Shinjirou dar continuidade ao legado. Mas ao trabalhar com a SSSP como o novo Ultraman, Shinjirou se vê questionando até que ponto está disposto a ir para ajudar as pessoas.
