Vários meses após uma sonda que retornava de Marte se desintegrar durante a reentrada, criaturas misteriosas conhecidas como "Ancients" começam a surgir em Tóquio. Esses seres agressivos e perigosos não podem ser eliminados por armas convencionais. Enquanto pesquisadores lutam para determinar o motivo do surgimento repentino, os monstros causam destruição em escala global.
A humanidade encontra esperança com o traje MARS – uma nova arma projetada para combater esses inimigos. No entanto, o traje só pode ser operado por indivíduos que possuam um DNA específico. É então que surge Takeru Hinata, um adolescente típico com um passado difícil e um dos poucos capazes de pilotar a única arma eficaz contra os Ancients. Auxiliado pela AAST, uma força policial especializada formada para combater as criaturas perigosas, o jovem luta contra demônios pessoais e mundiais enquanto tenta descobrir a verdadeira origem das novas ameaças da Terra.
