Muito tempo após um antigo mal ter sido arrancado das profundezas oceânicas, Joutarou Kuujou aguarda pacientemente em uma cela de prisão no Japão. Embora não tenha cometido qualquer crime, ele insiste em permanecer trancado, convencido de que um espírito maligno o assombra e poderia ferir seus entes queridos. Preocupada com o filho, Holy Kuujou pede a Joseph Joestar, seu pai, que convença Joutarou a deixar a prisão. Joseph revela ao neto que tal "espírito maligno" é, na verdade, um Stand, uma manifestação física do espírito de luta capaz de assumir diversas formas letais. Após um confronto intenso contra Muhammad Avdol, amigo de Joseph, Joutarou é forçado a abandonar sua cela e inicia o treinamento para dominar o poder de seu Stand.
Contudo, quando um Stand desperta dentro de Holy e ameaça consumi-la em 50 dias, Joutarou, seu avô e seus companheiros devem localizar e destruir o vampiro imortal responsável por sua condição. A jornada os leva ao Cairo, no Egito, onde enfrentam ferozes usuários de Stand que tentam impedi-los a cada passo. Se Joutarou e seus aliados falharem em sua missão, a humanidade estará condenada a um futuro sombrio.