Todos os dias, Aya Asagiri contempla o suicídio. Ela enfrenta bullying implacável na escola e, em casa, seu irmão mais velho, Kaname, abusa fisicamente dela para aliviar a pressão acadêmica que o pai impõe sobre ele.
Certa noite, enquanto permanece acordada desejando a morte, um misterioso site chamado Magical Girl Site aparece em seu laptop, oferecendo-se para conceder a ela poderes mágicos.
Inicialmente, ela descarta como uma pegadinha sinistra, mas quando descobre uma arma mágica em seu armário de sapatos no dia seguinte, fica incerta no que acreditar.
Decidindo levá-la consigo, ela logo encontra seus agressores novamente. Desta vez, desesperada por algo que a salve, ela usa a arma — e seus atacantes são teletransportados para uma passagem de nível próxima, onde são atingidos por um trem.
A consciência de Aya não suporta o fato de que ela matou dois de seus colegas de classe com magia, e ela tenta freneticamente entender a situação.
No entanto, quando ela se vê em perigo mais uma vez, é resgatada por Tsuyuno Yatsumura, colega de classe que pode parar o tempo usando magia. Esta dupla tem muito a realizar: não apenas devem lutar ao lado e contra outras garotas mágicas, mas também precisam descobrir a verdade por trás do site e do iminente evento apocalíptico conhecido como "A Tempestade".
