Após compartilhar uma conversa sincera durante a madrugada com seu irmão, a estudante do ensino médio Arisa Minase acorda e se vê em um mundo desconhecido. Ela é recebida como "Alice" por um par de gêmeos chamados Luz e Sombra, que expressam alegria por ela finalmente ter voltado para casa. Apesar da insistência de Arisa de que ela não é a pessoa que acreditam que seja, os estranhos habitantes deste reino permanecem convencidos do contrário.
Quando ela encontra o Coelho Negro, gentil e enigmático, Arisa descobre que está presa em um lugar conhecido como País das Maravilhas, sem nenhuma saída aparente. Ao começar a se adaptar ao novo ambiente, ela descobre uma variedade de seres peculiares, incluindo o afetuoso Gato de Cheshire e o preguiçoso rato-do-campo chamado Round.
No entanto, o País das Maravilhas guarda mistérios mais profundos. Cada uma das personalidades excêntricas com quem ela agora convive tem uma semelhança impressionante com alguém que ela conheceu em sua vida anterior, mas nenhum deles reconhece seus antigos nomes ou relações. Ainda mais intrigante é o fato de que o tempo no País das Maravilhas parece congelado — cada dia é idêntico ao anterior. Parece não haver fim para esse ciclo, além dos segredos que o Coelho Negro está escondendo.
