Trinta anos atrás, um cataclismo sísmico espacial devastou a região eurasiana, ceifando mais de 150 milhões de vidas em um evento de origem desconhecida. Desde então, o mundo enfrenta perturbações tectônicas periódicas, embora menos intensas. Shidou Itsuka, um estudante do ensino médio comum que mora com sua irmã mais nova Kotori, tem sua vida transformada quando um enorme terremoto espacial ameaça a Cidade de Tengu. Ao correr para resgatar Kotori, Shidou é arrastado para o epicentro e encontra uma garota misteriosa chamada Spirit, uma entidade de outro mundo capaz de desencadear tais desastres. Preso entre a Spirit e a Anti-Spirit Team, um grupo militarista determinado a eliminar os Spirits, Shidou também conhece a Ratatoskr, uma facção dedicada a protegê-los. Notavelmente, esta organização é liderada pela própria Kotori. Ela recruta Shidou para neutralizar a ameaça através de um método peculiar: ele deve fazer os Spirits se apaixonarem por ele. Com a sobrevivência do planeta em jogo, Shidou deve confiar em suas habilidades românticas para encantar cada Spirit e selar seus poderes.