O estudante do quinto ano efeminado Shuuichi Nitori é amplamente considerado uma das garotas mais bonitas da escola, mas para seu próprio desgosto, ele é biologicamente do sexo masculino. Felizmente, Shuuichi tem um amigo de infância que compartilha sentimentos semelhantes de desconforto com gênero: o magricela moleque Yoshino Takatsuki, que é biologicamente do sexo feminino, mas não se identifica como garota. Os dois amigos compartilham esse segredo e encontram conforto um no outro, mas suas vidas se tornam mais complicadas enquanto navegam por uma nova escola, tentam fazer novos amigos e manter os antigos. Diante de desafios assustadores, eles precisam aprender a lidar com as duras realidades de crescer, ser transgênero, relacionamentos e aceitação.
Aclamada como uma exploração séria da identidade de gênero e das lutas LGBT, Hourou Musuko de Takako Shimura acompanha Shuuichi e Yoshino enquanto eles buscam seus verdadeiros eus através da puberdade, fazendo amigos, se apaixonando e enfrentando decisões muito reais e difíceis.