Num futuro em que o aquecimento global submergiu a maior parte da Terra, a órfã de quinze anos Maia Mizuki acaba de concluir o ensino fundamental e já enviou sua inscrição para ingressar na Ocean Agency, uma força paramilitar de elite a serviço do governo mundial. Apenas os estudantes mais inteligentes e fisicamente aptos são aceitos, e Maia — a protagonista da história — está prestes a se tornar um deles.
Sua vida ideal rapidamente se desfaz. Para sua decepção, Maia é reprovada nos exames de admissão. A situação piora quando ela é despejada de casa, tem o bolso furtado, é feita refém e, em seguida, atingida por um tiro. Ela é "salva" por duas mulheres, Rena e Shizuka, que pertencem a uma organização incomum de ajuda por contrato chamada Nereids (nomeada em homenagem às ninfas marinhas da mitologia grega). Sem ter para onde ir, Maia junta-se às Nereids, aceitando trabalhos que vão desde capturar criminosos procurados até perseguir gatos perdidos — muitas vezes com resultados imprevisíveis. Mais tarde, Gloria e Yu também se tornam membros das Nereids.
O "Daphne" no título refere-se a uma subtrama que começa no meio da série e acaba se tornando significativa para Maia. "Azul Brilhante" descreve um mundo coberto quase inteiramente por água, com vastos oceanos, algumas ilhas e cidades flutuantes substituindo a terra firme.
