Yuu, Haru e Kotona são três melhores amigos que vivem uma pacífica vida escolar. Um dia, no entanto, um homem suspeito persegue e apunhala Kotona — uma tragédia que Yuu e Haru não conseguem evitar. Enquanto correm para levar a garota ferida ao hospital, os dois garotos quase são atropelados por um caminhão, mas saem milagrosamente ilesos. Em vez disso, eles se veem transportados para um reino de conto de fadas, povoado por uma rica variedade de pessoas e criaturas fantásticas.
Para seu espanto, Yuu — que desde a infância estava confinado a uma cadeira de rodas — agora pode andar! Mas eles não têm tempo para pensar nessa situação desconcertante, já que sua amiga não é encontrada em lugar nenhum. Saindo para localizar Kotona, Yuu e Haru param em uma taverna local para pedir informações. Quando olham para um retrato de Asha, a princesa do reino, os dois são atingidos por uma revelação chocante.
Ni no Kuni narra uma jornada extraordinária por um mundo mágico, revelando o vínculo especial entre dois reinos idênticos, porém paralelos, e como esse vínculo se manifesta através dos laços entre os indivíduos.