Em um mundo onde aeronaves e aviões são comuns, a jovem Sheeta é sequestrada por agentes do governo em busca de seu misterioso amuleto de cristal. Enquanto é mantida cativa a bordo de uma aeronave, ela perde toda a esperança — até que piratas atacam a nave. Aproveitando o caos, Sheeta escapa de seus captores e encontra Pazu, um garoto que sonha em descobrir o lendário castelo flutuante, Laputa. Juntos, eles partem em uma jornada para encontrar este castelo no céu. Mas logo os agentes do governo retomam a perseguição, com o objetivo de alcançar Laputa por seus próprios motivos egoístas.
Tenkuu no Shiro Laputa acompanha as emocionantes aventuras de Sheeta e Pazu enquanto eles aprendem como sonhos e circunstâncias desesperadoras podem aproximar duas pessoas.