Junjou Romantica entrelaça as histórias de três casais enquanto cada um embarca em seu próprio romance "puro de coração".
Em Junjou Romantica, o candidato ao vestibular Misaki Takahashi e seu tutor, o aclamado romancista Akihiko Usami, têm um relacionamento tenso. Não fosse por Takahiro—o amado irmão mais velho de Misaki e melhor amigo de Usami—os dois nunca teriam se conhecido. Mas quando Misaki descobre um romance boys-love sexualmente explícito com personagens impressionantemente semelhantes a Usami e Takahiro—claramente escrito por Usami—suas dúvidas sobre as intenções ocultas do homem em relação ao seu irmão são confirmadas. Após uma discussão acalorada, Misaki e Usami concordam com um cessar-fogo. Isto é, até Takahiro visitá-los com sua nova noiva! Misaki deveria ficar extasiado, mas enquanto Usami oferece parabéns calmamente, por que Misaki sente essa raiva desconhecida em relação ao seu irmão?
Junjou Egoist segue Hiroki Kamijou que, de ressaca e com o coração partido por um amor não correspondido, está chorando em um banco de parque quando escapa por pouco de ser atingido por um pequeno foguete. O dono do foguete, Nowaki Kusama, vê suas lágrimas e se recusa a deixá-lo em paz, eventualmente persuadindo Kamijou a tutorá-lo para o exame de equivalência do ensino médio. Mas quando o objeto da afeição não retribuída de Kamijou aparece em sua porta, Nowaki reivindica Kamijou para si e confessa seus próprios sentimentos. Como o orgulhoso Kamijou lidará com essa "tempestade" que ameaça afogá-lo e a seu coração no amor?
Em Junjou Terrorist, Shinobu Takatsuki acredita que o destino o uniu a You Miyagi, que o resgatou de uma extorsão três anos antes. A situação complicou-se quando eles se tornaram cunhados—Miyagi se casou com a irmã mais velha de Shinobu—então o anúncio do divórcio deles dá a Shinobu a chance ideal de finalmente ficar com seu herói. Miyagi, no entanto, não recebe bem os avanços desse "terrorista" muito jovem que desconsidera a diferença de idade e o passado complicado entre eles. Ele tenta assustá-lo, mas Miyagi subestima o quão determinado Shinobu é e que ele superará qualquer obstáculo por seu "amor predestinado".