A Cidade Mikado, normalmente tranquila, é lançada no caos quando um portal de outra dimensão se abre sem aviso. Criaturas de além, conhecidas como Neighbors, lançam um ataque, e armas convencionais se mostram inúteis contra elas, levando a uma destruição rápida. Quando tudo parece perdido, uma organização misteriosa chamada Agência de Defesa Border contra-ataca usando tecnologia avançada chamada Triggers e consegue parar a invasão. Quatro anos depois, a Border continua protegendo o povo da Cidade Mikado e é celebrada como heróis.
Yuuma Kuga se transfere para a First Mikado City High School — uma escola com laços com a Border — o que levanta suspeitas, já que se mudar para zonas tão perigosas é considerado suspeito. Ele rapidamente se torna alvo de valentões, mas Osamu Mikumo, um membro estagiário da Border, intervém para defender Yuuma, mesmo tendo dúvidas sobre o recém-chegado. A situação toma um rumo perigoso quando um Neighbor emerge de um portal que se abre de repente na área restrita. Osamu luta para enfrentá-lo com seu Trigger, mas Yuuma derrota a criatura sem esforço. Quando Osamu pergunta sobre a posição de Yuuma com a Border, fica claro que Yuuma não é um agente — ele próprio é um Neighbor.