No futuro distante, a humanidade abandona uma Terra arruinada e ascende ao reino superior conhecido como Tenjou. No entanto, a guerra faz com que Tenjou e a lei da causalidade colapsem, forçando os humanos de volta à Terra — agora inabitável, exceto pela região de Shinshuu, no Extremo Oriente. Como Shinshuu não pode abrigar todos, a área é duplicada, criando um mundo paralelo chamado Juusou Sekai. Para restaurar Tenjou e a lei da causalidade, os retornados começam a reconstruir a história a partir de 10.000 a.C. Quando essa reprodução atinge o ano de 1413 d.C., uma guerra irrompe em Shinshuu, e Juusou Sekai colide com o mundo original. Os habitantes de Juusou Sekai perdem suas terras e invadem o mundo original. O povo de Shinshuu se rende, e a terra é dividida entre os invasores de Juusou Sekai. Eles tentam retomar a reprodução histórica a partir de 1457 d.C., mas a atualização histórica para no ano de 1648 d.C. Um rumor de apocalipse se espalha pelo mundo. Enquanto isso, uma cidade flutuante composta por oito navios chamada Musashi vagueia pelos céus, onde os estudantes a bordo travarão uma guerra que determina o destino do mundo.