Ash Lynx é um prodígio, um jovem deslumbrante — e um assassino. Criado desde a infância pelo chefão da máfia Dino "Papa" Golzine, foi moldado para ser uma arma implacável. Inicialmente apenas um brinquedo bonito para os desejos de Golzine, Ash, agora com dezessete anos, rompeu com ele e comanda sua própria gangue com um controle impiedoso.
Eiji Okumura, um jovem fotógrafo japonês, chega a Nova York como assistente para documentar a vida de crianças de rua. Lá, encontra o líder adolescente da gangue Ash e fica cativado por ele — enquanto Ash, por sua vez, se interessa pelo mundo desconhecido de Eiji.
No entanto, este é o submundo sombrio de Nova York, onde uma série de assassinatos recentes compartilha apenas um elo: a frase "Banana Fish". Com interesses pessoais nesse conflito obscuro, Ash, Eiji e seus companheiros precisam descobrir o que realmente é "Banana Fish", sua origem e como eliminá-la — antes que tudo que conhecem mergulhe no caos.