Xamãs são seres extraordinários que podem se comunicar com fantasmas, espíritos e deuses — entidades invisíveis para as pessoas comuns. A cada quinhentos anos, acontece o Shaman Fight, um torneio prestigioso que coloca xamãs do mundo inteiro uns contra os outros. O vencedor é coroado Shaman King, um título que permite ao vencedor comandar o Great Spirit e remodelar o mundo como desejar.
Certa noite, Manta Oyamada, um estudante comum de ensino fundamental, está atrasado para a aula e decide cortar caminho pelo cemitério local. Um garoto solitário sentado numa lápide o nota e convida Manta para observar as estrelas com "eles". Percebendo que "eles" se refere ao garoto e seus companheiros fantasmas, Manta entra em pânico e foge. Mais tarde, o garoto se apresenta como You Asakura, um xamã em treinamento, e prova suas habilidades ao fazer parceria com o fantasma de um samurai de seiscentos anos chamado Amidamaru para resgatar Manta de uma gangue de bandidos. You faz amizade com Manta por causa de sua capacidade de ver espíritos e, junto com Amidamaru, eles partem para alcançar o objetivo de You: tornar-se o próximo Shaman King.