Na linha do tempo original de Rozen Maiden, o recluso Jun Sakurada escolheu dar corda à boneca Senciente Rozen Maiden Shinku e ajudá-la no Alice Game, uma competição entre as bonecas. No entanto, se Jun tivesse decidido não dar corda a ela, sua vida teria tomado um caminho drasticamente diferente.
Em um universo alternativo, um Jun adulto agora está na faculdade, mas continua melancólico e ainda carrega as feridas emocionais de seu passado como hikikomori. Enquanto trabalha em uma livraria, ele tropeça em uma série semanal de livros intitulada "How to Make a Girl", que contém uma mola para dar corda a uma boneca. Naquela noite, quando volta para casa, o próximo volume da série o espera em seu apartamento, junto com um estojo de boneca e peças para construir a quinta Rozen Maiden, Shinku. Mas depois que ele monta a maior parte das peças, os livros param de chegar, e ele recebe uma carta informando que a publicação foi descontinuada. A carta também revela que, para obter as peças restantes da boneca, ele deve recuperá-las de um lugar chamado N-Field.
Como se isso já não fosse estranho o suficiente, ele começa a receber e-mails de seu eu mais jovem, implorando por ajuda para derrotar a maligna sétima boneca, Kirakishou. Com uma boneca incompleta em mãos, Jun se aventura no N-Field, sem saber dos eventos que estão prestes a se desenrolar.