Uma garota adolescente possui os "Olhos Místicos da Percepção da Morte", um poder sobrenatural que lhe permite ver a "morte" inerente a todas as coisas e destruir um objeto ao cortar sua "origem". Ela acabou de despertar de um coma de dois anos causado por um acidente de carro. Antes do acidente, ela tinha duas personalidades: uma masculina chamada Shiki (織) e a personalidade feminina original, também chamada Shiki (式). Crianças nascidas na família Ryougi são normalmente do sexo masculino e são criadas com duas personalidades, então a personalidade masculina é tradicionalmente chamada de personalidade "yang" e a feminina de personalidade "yin". Qual Shiki está falando em determinado momento pode ser determinado por seus padrões de fala distintos — mais notavelmente, a Shiki feminina usa o pronome watashi (私), enquanto a Shiki masculina usa ore (俺). Após emergir do coma, Shiki descobre que não consegue mais sentir a presença do Shiki masculino e acredita que ele morreu no acidente. Ela também se sente desconectada de suas memórias anteriores ao acidente; embora saiba que é Shiki, não se sente como se fosse. Numa tentativa de se recuperar e ao Shiki "morto", ela adota uma aparência fria que se assemelha ao comportamento do Shiki masculino e tenta se comportar como a Shiki feminina fazia antigamente. Touko entende a sensação de distanciamento que Shiki experimenta, mas considera a Shiki atual uma terceira personalidade, totalmente nova.
A série se passa no mesmo universo de outra obra da TYPE-MOON, Tsukihime. Touko Aozaki, irmã de Aoko Aozaki, aparece nesta série, e a protagonista, Shiki Ryougi, compartilha as mesmas habilidades que Shiki Tohno, protagonista de Tsukihime.