Negi Springfield, um feiticeiro de dez anos que acabou de se formar na Academia de Magia Merdiana, no País de Gales, tem dois objetivos: localizar seu pai desaparecido, o lendário Thousand Master, e se tornar um Magister Magi — um feiticeiro que ajuda o mundo comum com magia. Para alcançar esse segundo objetivo, ele recebe uma última tarefa: dar aulas de inglês em uma escola de ensino fundamental no Japão.
Para seu choque e desânimo, ele descobre que sua turma consiste em trinta e uma garotas, e acidentalmente revela sua identidade mágica para uma delas, Asuna Kagurazaka. Agora forçado a lidar com o conhecimento dela, Negi deve trabalhar para manter seu segredo a salvo enquanto enfrenta ameaças mágicas que surgem dentro e fora da Academia Mahora, tudo isso continuando sua busca pelo pai perdido.