De acordo com os sussurros, se uma garota fizer um pacto com uma fada branca, isso realizará qualquer desejo que ela tenha. Em troca, ela se torna uma garota mágica e deve arriscar sua vida para derrotar bruxas aterrorizantes e cruéis.
Iroha Tamaki, uma gentil estudante do ensino fundamental de Takarazaki City, prova que esses contos são reais. Armada com uma besta mágica e o poder de curar ferimentos, Iroha procura os labirintos onde as bruxas se escondem e as elimina antes que possam atacar humanos.
No entanto, Iroha não consegue se lembrar do seu desejo, e até mesmo o próprio Kyuubey, a fada branca, parece não saber o que ela pediu.
Um dia, Iroha ouve falar de uma cidade onde "garotas mágicas podem ser salvas", e se vê pegando um trem para Kamihama City ao pôr do sol. Infelizmente, ela descobre que as bruxas de lá são significativamente mais fortes do que o normal. Depois que a veterana garota mágica Yachiyo Nanami é forçada a resgatá-la, Iroha jura nunca mais voltar. Mas quando um encontro casual com um Kyuubey minúsculo parece despertar memórias vagas, Iroha se sente compelida a explorar a misteriosa cidade, apesar do perigo.