Dois anos se passaram desde que o mundo foi alterado para sempre. Cloud Strife e seus companheiros podem ter impedido Sephiroth e seu plano de colidir um meteoro massivo contra o planeta, mas esse triunfo teve um preço alto. A densamente povoada cidade de Midgar foi quase destruída durante a batalha. Felizmente, muitos moradores conseguiram fugir para um local seguro e, nos anos seguintes, estabeleceram um novo assentamento chamado Edge.
Final Fantasy VII: Advent Children foca em Cloud e Tifa enquanto eles tentam construir novas vidas para si mesmos e para aqueles ao redor nesta nova cidade. Juntos, eles administram um serviço de entrega e cuidam da filha adotiva de seu amigo em comum, Barret, Marlene, além de um jovem órfão chamado Denzel. Denzel, Cloud e inúmeras outras crianças são afligidos por uma misteriosa nova doença conhecida como "Geostigma".
As crianças da cidade enfrentam outro perigo iminente — um trio de homens poderosos que estão sequestrando crianças infectadas por motivos desconhecidos. Cloud está determinado a resgatar esses pequenos, não apenas da Geostigma, mas também dos sequestradores. No entanto, ele não faz ideia de que esses homens compartilham uma conexão com seu velho inimigo, Sephiroth, e a missão de Cloud de derrotá-los o forçará a confrontar os demônios de seu passado mais uma vez. Se há alguma esperança de superar essas ameaças, ela reside nos laços de amizade entre Cloud e seus aliados, que salvaram o mundo uma vez e agora devem fazê-lo novamente.