A incomum Turma 77-B da Academia Hope's Peak ganha uma nova professora responsável, Chisa Yukizome, uma ex-aluna conhecida como a Super High School-Level Housekeeper. Cheia de energia e habilidade, ela trabalha para curar os relacionamentos rompidos entre seus variados alunos, que incluem uma princesa, uma enfermeira, um membro da yakuza e uma pessoa incrivelmente sortuda. Confiando na força da esperança, ela tenta guiá-los através de suas disputas.
Ao mesmo tempo, Hajime Hinata, um estudante do Curso Reserva que sente que não possui nenhuma habilidade especial, conhece Chiaki Nanami, a Super High School-Level Gamer. Através do tempo que passam juntos, ela lhe dá uma nova maneira de ver a vida. Mas sem o conhecimento de Hajime, a administração da escola está elaborando um esquema sombrio envolvendo ele que pode destruir Hope's Peak e devastar o mundo.
Zetsubou-hen acompanha a vida cotidiana na famosa academia enquanto forças das trevas trabalham nos bastidores. Conforme o desespero lentamente toma conta da esperança, os responsáveis pelo Maior, Mais Terrível, Mais Trágico Evento da História Humana iniciam seu plano, marcando o começo do fim.