No lendário passado antigo, o pacífico reino de Mu é sitiado pelo belicoso Império Dragoniano. Com um poder de fogo lamentável e apenas uma estátua gigante de uma divindade como proteção, a jovem Rainha Aira e seu povo estão indefesos contra Dorado, o Rei Dourado, e seu exército de dinossauros.
No entanto, Aira busca um potencial salvador — um guerreiro de outro tempo e lugar. Esse indivíduo é Yamato Hino, um estudante comum do ensino médio, mas altamente atlético, na Tóquio dos dias atuais. Inicialmente, Yamato pensa que ela está louca quando recebe mensagens de uma jovem fantasmagórica, mas ela eventualmente o convence a dar o salto… através de um portal místico para o antigo Mu.
Antes que o adolescente de Tóquio possa se adaptar, Dragonia ataca novamente, mas desta vez os dinossauros e soldados são repelidos pelo gigante God Mazinger, agora fundido com Yamato. Embora Mu tenha conquistado sua primeira vitória, eles têm um longo caminho pela frente — e Yamato também, que precisa superar seus próprios defeitos de caráter profundos e se tornar um verdadeiro guerreiro para salvar o reino e voltar para casa.
