A história continua de onde a primeira temporada terminou. Makina perde a consciência quando o traje Marishi Machina, desenvolvido pela Corporação Hyuga, assume o controle de seu corpo, fazendo-a correr pela nova Shutoko Expressway em uma MT-07. Dan consegue detê-la bem a tempo. Com Makina na garupa de sua MT-09 Street Rally, Dan segue para o Genesis Café, mas eles são interceptados pelo presidente da Corporação Hyuga, Mitsukuni Hyuga, que os espera com uma expressão perturbadora.
Dan espera ser forçado a renunciar por ter envolvido Kotaro Hyuga, o herdeiro da presidência da empresa, na situação. No entanto, quando Makina confronta Mitsukuni sobre a verdade por trás do acidente que matou seus pais, Dan recebe uma ordem que nunca poderia ter previsto.
Dan continua tentando evitar confrontar o trauma que sofreu quando criança, mas Makina o encoraja a buscar a verdade. Sanae, a dona do Genesis Café, parece perceber o sofrimento deles e toma o assunto em suas próprias mãos.
Será que Dan conseguirá enfrentar seu passado, libertar-se da maldição que carrega e recuperar seu futuro com as próprias mãos?
As engrenagens entrelaçadas do destino que guiam os destinos de Dan, Makina e Kotaro começam a girar novamente, e o próximo capítulo de sua história está prestes a se desenrolar.