Há muito tempo, o povo do Palácio Camaron estava à beira da destruição. Eles foram salvos quando Sir Aaron, o Verdadeiro Guardião da Aura, sacrificou-se para interromper uma guerra entre reinos. Desde então, um torneio é realizado todos os anos para homenagear seu feito heroico.
Satoshi, um jovem treinador Pokémon de Kanto, vence o torneio mais recente e tem permissão para empunhar um cajado que pertenceu a Sir Aaron. Lucario, o Pokémon Aura e servo do Verdadeiro Guardião, emerge do cajado. No entanto, lembrando-se de sua última lembrança de seu mestre abandonando-o, Lucario foge confuso.
Enquanto isso, Pikachu, o parceiro de Satoshi, é levado de repente por um Pokémon chamado Mew para a lendária Árvore do Começo. Apenas Lucario conhece o caminho até lá, mas ele não está disposto a confiar em humanos após a traição de seu mestre. Para salvar seu parceiro, Satoshi e seus companheiros devem obter a ajuda necessária e viajar até a Árvore do Começo, revelando verdades ocultas de séculos atrás.