Hana, uma estudante universitária dedicada, se apaixona por um homem misterioso que frequenta uma de suas aulas, mas não está oficialmente matriculado. Ele também não é totalmente humano: em noites de lua cheia, ele se transforma, revelando ser o último lobisomem vivo. Apesar disso, a devoção de Hana permanece inabalável, e eles decidem construir uma família juntos.
Ela dá à luz duas crianças saudáveis — Ame, nascida durante uma chuva, e Yuki, nascida durante uma nevasca — ambas herdando a habilidade de se transformar em lobos do pai. No entanto, a morte súbita de seu parceiro despedaça o mundo de Hana, deixando-a para criar essa família extraordinária completamente sozinha. O estresse de criar suas crianças de natureza selvagem em uma cidade lotada, enquanto mantém seu segredo oculto, acaba levando-a a se mudar para o campo, onde ela espera que Ame e Yuki possam viver livres dos preconceitos da sociedade. Wolf Children é uma história comovente sobre as dificuldades enfrentadas por uma mãe solteira em um mundo moderno e implacável.