Perto de 2011, uma fração da humanidade começou a despertar poderes psicocinéticos denominados Cantus. Milênios depois, na aldeia Kamisu 66, Saki Watanabe torna-se a última de seu grupo de amigos a manifestar suas habilidades e ingressar na Academia dos Sábios, uma instituição dedicada a psíquicos. Apesar de todos os estudantes possuírem Cantus, não são tratados com igualdade; pouco tempo após a chegada de Saki, um aluno considerado o mais fraco da turma desaparece misteriosamente.
Durante o trajeto de volta para casa acompanhada por seus amigos — a resoluta Maria Akizuki, o inteligente Shun Aonuma, o observador Satoru Asahina e o tímido Mamoru Itou —, Saki depara-se com duas criaturas estranhas conhecidas como Ratos-Monstro. Esses seres, semelhantes a toupeiras, veneram os usuários de Cantus como deuses. Ao utilizar sua habilidade para auxiliar um deles em uma situação crítica, Saki recebe profunda gratidão.
Começando a questionar o lugar dos Ratos-Monstro na sociedade, Saki e seus companheiros descobrem outro caso de desaparecimento. Conforme o tempo passa, eles buscam respostas para os mistérios que os rodeiam e gradualmente percebem que esse novo mundo, aparentemente perfeito, esconde a história sombria da humanidade.