Yuuji Kaidou, sofrendo de uma doença incurável, opta por entrar em sono criogênico na esperança de ser curado no futuro. Quando acorda, no entanto, encontra-se em um mundo tomado por criaturas monstruosas que se alimentam de humanos. Ele é resgatado no último momento por um esquadrão de soldados pilotando mechas massivos para lutar contra essas bestas.
Marlene Angel, que liderava a equipe, explica que a Terra foi invadida décadas antes por uma raça alienígena chamada BLUE, levando a humanidade à beira da extinção. Subjugado por essa realidade horrível, Yuuji decide se juntar à luta contra os BLUE. Mas para causar qualquer impacto real na luta pela sobrevivência da humanidade, ele precisará de muito mais do que pura força de vontade.