A grande inauguração da nova linha de metrô de Tóquio, a Linha Touto, é interrompida quando um atentado a bomba ocorre. O governador de Tóquio fica preso na explosão a bordo do trem, mas graças à rápida intervenção de Conan Edogawa, ele e os outros passageiros são resgatados em segurança.
Curioso sobre o incidente, Conan investiga o passado político do governador e descobre que ele foi responsável por demolir uma vila em Niigata para dar lugar à Barragem de Kitanosawa.
Suspeitando que o ataque está ligado à construção daquela barragem, Conan, junto com Ran Mouri, Kogorou Mouri, Professor Agasa, Sonoko Suzuki e os Detective Boys, vai até a vila para investigar.
Lá, eles encontram ex-residentes da antiga vila. Mas conforme um mistério se aprofunda, um dos moradores locais é encontrado assassinado. Conan, sentindo um esquema mais sombrio em ação, está determinado a descobrir a verdade por trás de ambos os incidentes antes que seja tarde demais.